Arabidopsis SWI/SNF chromatin remodeling complex binds both promoters and terminators to regulate gene expression.
PBN-AR
Instytucja
Instytut Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk
Źródłowe zdarzenia ewaluacyjne
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
EN
Czasopismo
Nucleic Acids Research
ISSN
0305-1048
EISSN
1362-4962
Wydawca
OXFORD UNIVERSITY PRESS
DOI
Rok publikacji
2016
Numer zeszytu
brak
Strony od-do
1-14
Numer tomu
brak
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
EN
Treść
ATP-dependent chromatin remodeling complexes are important regulators of gene expression in Eukaryotes. In plants, SWI/SNF-type complexes have been shown critical for transcriptional control of key developmental processes, growth and stress responses. To gain insight into mechanisms underlying these roles, we performed whole genome mapping of the SWI/SNF catalytic subunit BRM in Arabidopsis thaliana, combined with transcript profiling experiments. Our data show that BRM occupies thousands of sites in Arabidopsis genome, most of which located within or close to genes. Among identified direct BRM transcriptional targets almost equal numbers were up- and downregulated upon BRM depletion, suggesting that BRM can act as both activator and repressor of gene expression. Interestingly, in addition to genes showing canonical pattern of BRM enrichment near transcription start site, many other genes showed a transcription termination site-centred BRM occupancy profile. We found that BRM-bound 3' gene regions have promoter-like features, including presence of TATA boxes and high H3K4me3 levels, and possess high antisense transcriptional activity which is subjected to both activation and repression by SWI/SNF complex. Our data suggest that binding to gene terminators and controlling transcription of non-coding RNAs is another way through which SWI/SNF complex regulates expression of its targets.
Inne
System-identifier
PX-5894861182ce4a248cecdcd1
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych