Ciruvis: a web-based tool for rule networks and interaction detection using rule-based classifiers
PBN-AR
Instytucja
Instytut Podstaw Informatyki Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
BMC Bioinformatics
ISSN
1471-2105
EISSN
Wydawca
BioMed Central Ltd
Rok publikacji
2014
Numer zeszytu
Strony od-do
1-12
Numer tomu
15:139
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
(liczba autorów: 3)
Pozostali autorzy
+ 2
Słowa kluczowe
angielski
Visualization
Rules
Interactions
Interaction detection
Classification
Rule-based classification
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Inna
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
angielski
Treść
Background The use of classification algorithms is becoming increasingly important for the field of computational biology. However, not only the quality of the classification, but also its biological interpretation is important. This interpretation may be eased if interacting elements can be identified and visualized, something that requires appropriate tools and methods. Results We developed a new approach to detecting interactions in complex systems based on classification. Using rule-based classifiers, we previously proposed a rule network visualization strategy that may be applied as a heuristic for finding interactions. We now complement this work with Ciruvis, a web-based tool for the construction of rule networks from classifiers made of IF-THEN rules. Simulated and biological data served as an illustration of how the tool may be used to visualize and interpret classifiers. Furthermore, we used the rule networks to identify feature interactions, compared them to alternative methods, and computationally validated the findings. Conclusions Rule networks enable a fast method for model visualization and provide an exploratory heuristic to interaction detection. The tool is made freely available on the web and may thus be used to aid and improve rule-based classification.
Inne
System-identifier
PX-56988deb810641ecf9192989
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych