Asymmetric Clustering Index in a case study of 5-HT1A receptor ligands
PBN-AR
Instytucja
Instytut Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
PLOS ONE
ISSN
1932-6203
EISSN
Wydawca
PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI
Rok publikacji
2014
Numer zeszytu
7
Strony od-do
1-7
Numer tomu
9
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Słowa kluczowe
en
2D FINGERPRINTS;
DATA SETS;
DERIVATIVES;
INFORMATION
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
The automatic clustering of chemical compounds is an important branch of chemoinformatics. In this paper the Asymmetric Clustering Index (A(CI)) is proposed to assess how well an automatically created partition reflects the reference. The asymmetry allows for a distinction between the fixed reference and the numerically constructed partition. The introduced index is applied to evaluate the quality of hierarchical clustering procedures for 5-HT1A receptor ligands. We find that the most appropriate combination of parameters for the hierarchical clustering of compounds with a determined activity for this biological target is the Klekota Roth fingerprint combined with the complete linkage function and the Buser similarity metric.
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
PX-56989cd3810641ecf9198e8a
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych