Next-generation sequencing (NGS) in the identification of encephalitis-causing viruses: Unexpected detection of human herpesvirus 1 while searching for RNA pathogens
PBN-AR
Instytucja
Instytut Fizjologii i Patologii Słuchu
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
Journal of virological methods
ISSN
0166-0934
EISSN
Wydawca
DOI
URL
Rok publikacji
2015
Numer zeszytu
Strony od-do
1-6
Numer tomu
226
Link do pełnego tekstu
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa-Niekomercyjne-Bez utworów zależnych
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
angielski
Treść
BACKGROUND: Encephalitis is a severe neurological syndrome usually caused by viruses. Despite significant progress in diagnostic techniques, the causative agent remains unidentified in the majority of cases. The aim of the present study was to test an alternative approach for the detection of putative pathogens in encephalitis using next-generation sequencing (NGS). METHODS: RNA was extracted from cerebrospinal fluid (CSF) from a 60-year-old male patient with encephalitis and subjected to isothermal linear nucleic acid amplification (Ribo-SPIA, NuGen) followed by next-generation sequencing using MiSeq (Illumina) system and metagenomics data analysis. RESULTS: The sequencing run yielded 1,578,856 reads overall and 2579 reads matched human herpesvirus I (HHV-1) genome; the presence of this pathogen in CSF was confirmed by specific PCR. In subsequent experiments we found that the DNAse I treatment, while lowering the background of host-derived sequences, lowered the number of detectable HHV-1 sequences by a factor of 4. Furthermore, we found that the routine extraction of total RNA by the Chomczynski method could be used for identification of both DNA and RNA pathogens in typical clinical settings, as it results in retention of a significant amount of DNA. CONCLUSION: In summary, it seems that NGS preceded by nucleic acid amplification could supplement currently used diagnostic methods in encephalitis.
Inne
System-identifier
PX-56b45b078106eb71826df450
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych