MLP accompanied beam search for the resonance assignment problem
PBN-AR
Instytucja
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
JOURNAL OF HEURISTICS
ISSN
1381-1231
EISSN
1572-9397
Wydawca
SPRINGER
DOI
URL
Rok publikacji
2013
Numer zeszytu
3
Strony od-do
443-464
Numer tomu
19
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
(liczba autorów: 5)
Pozostali autorzy
+ 3
Słowa kluczowe
en
Beam search
Neural network
RNA assignment
NMR
Streszczenia
Język
en
Treść
Resonance signal assignment is a well known problem encountered during the process of biomolecule structure determination based on nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. As one of the first steps following the experimental part of the process, it significantly affects the quality of a resulting molecule model. In the paper we present a new approach for automated signal assignment in two-dimensional NMR spectra of RNA molecules. The proposed algorithm combines beam search with a neural network in order to reconstruct and evaluate solutions. Computational tests with a set of experimental and simulated NMR spectra show an excellent performance of the approach in comparison with the existing methods. The algorithm implementation is freely available at http://www.cs.put.poznan.pl/mszachniuk/bsmlp.zip.
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
554104
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych