Bayesian QTL analyses using pedigreed families of an outcrossing species, with application to fruit firmness in apple
PBN-AR
Instytucja
Instytut Ogrodnictwa
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
THEORETICAL AND APPLIED GENETICS
ISSN
0040-5752
EISSN
1432-2242
Wydawca
SPRINGER
DOI
URL
Rok publikacji
2014
Numer zeszytu
Strony od-do
1073-1090
Numer tomu
127
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Open access
Tryb otwartego dostępu
Inne
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja ostateczna autora
Licencja otwartego dostępu
Inna
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Przed publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
angielski
Treść
Bayesian QTL linkage mapping approaches offer the flexibility to study multiple full sib families with known pedigrees simultaneously. Such a joint analysis increases the probability of detecting these quantitative trait loci (QTL) and provide insight of the magnitude of QTL across different genetic backgrounds. Here, we present an improved Bayesian multi-QTL pedigree-based approach on an outcrossing species using progenies with different (complex) genetic relationships. Different modeling assumptions were studied in the QTL analyses, i.e., the a priori expected number of QTL varied and polygenic effects were considered. The inferences include number of QTL, additive QTL effect sizes and supporting credible intervals, posterior probabilities of QTL genotypes for all individuals in the dataset, and QTL-based as well as genome-wide breeding values. All these features have been implemented in the FlexQTL™ software. We analyzed fruit firmness in a large apple dataset that comprised 1,347 individuals forming 27 full sib families and their known ancestral pedigrees,
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
600013
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych