A new method for detection and discrimination of Pepino mosaic virus isolates using high resolution melting analysis of the triple gene block 3
PBN-AR
Instytucja
Instytut Ogrodnictwa
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
JOURNAL OF VIROLOGICAL METHODS
ISSN
0166-0934
EISSN
Wydawca
ELSEVIER SCIENCE BV
DOI
URL
Rok publikacji
2013
Numer zeszytu
1
Strony od-do
1-5
Numer tomu
193
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
Słowa kluczowe
angielski
Detection
HRM
PepMV
RT-PCR
Triple gene block 3
Open access
Tryb otwartego dostępu
Inne
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Inna
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
Diagnostic methods distinguished different Pepino mosaic virus (PepMV) genotypes but the methods do not detect sequence variation in particular gene segments. The necrotic and non-necrotic isolates (patho- types) of PepMV share a 99% sequence similarity. These isolates differ from each other at one nucleotide site in the triple gene block 3. In this study, a combination of real-time reverse transcription polymerase chain reaction and high resolution melting curve analysis of triple gene block 3 was developed for simul¬taneous detection and differentiation of PepMV pathotypes. The triple gene block 3 region carrying a transition A—► G was amplified using two primer pairs from twelve virus isolates, and was subjected to high resolution melting curve analysis. The results showed two distinct melting curve profiles related to each pathotype. The results also indicated that the high resolution melting method could readily differentiate between necrotic and non-necrotic PepMV pathotypes.
Cechy publikacji
discipline:Agronomia
discipline:Ogrodnictwo
discipline:Agronomy
discipline:Horticulture
Short communication
Komunikat o wynikach badań
Inne
System-identifier
PBN-R:559479