Exonic Re-Sequencing of the Chromosome 2q24.3 Parkinson's Disease Locus
PBN-AR
Instytucja
Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. Mirosława Mossakowskiego Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
PLoS One
ISSN
1932-6203
EISSN
Wydawca
PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI
URL
Rok publikacji
2015
Numer zeszytu
6
Strony od-do
0128586-0128586
Numer tomu
10
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
0,86
Słowa kluczowe
en
GENOME-WIDE ASSOCIATION
POPULATION
VARIANTS
SUSCEPTIBILITY
METAANALYSIS
BROWSER
SPAK
UCSC
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Inna
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
Genome-wide association studies (GWAS) in Parkinson's disease (PD) have identified over 20 genomic regions associated with disease risk. Many of these loci include several candidate genes making it difficult to pinpoint the causal gene. The locus on chromosome 2q24.3 encompasses three genes: B3GALT1, STK39, and CERS6. In order to identify if the causal variants are simple missense changes, we sequenced all 31 exons of these three genes in 187 patients with PD. We identified 13 exonic variants including four non-synonymous and three insertion/deletion variants (indels). These non-synonymous variants and rs2102808, the GWAS tag SNP, were genotyped in three independent series consisting of a total of 1976 patients and 1596 controls. Our results show that the seven identified 2q24.3 coding variants are not independently responsible for the GWAS association signal at the locus; however, there is a haplotype, which contains both rs2102808 and a STK39 exon 1 6bp indel variant, that is significantly associated with PD risk (Odds Ratio [OR] = 1.35, 95\% CI: 1.11-1.64, P = 0.003). This haplotype is more associated than each of the two variants independently (OR = 1.23, P = 0.005 and 1.10, P = 0.10, respectively). Our findings suggest that the risk variant is likely located in a non-coding region. Additional sequencing of the locus including promoter and regulatory regions will be needed to pinpoint the association at this locus that leads to an increased risk to PD.
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
587855
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych