MCQ4Structures to compute similarity of molecule structures
PBN-AR
Instytucja
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
Central European Journal of Operations Research
ISSN
1435-246X
EISSN
1613-9178
Wydawca
SPRINGER-Verlag
DOI
Rok publikacji
2014
Numer zeszytu
3
Strony od-do
457-474
Numer tomu
22
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
(liczba autorów: 3)
Pozostali autorzy
+ 1
Słowa kluczowe
en
Structural bioinformatics
Structure comparison
Torsion angles
RNA
Open access
Tryb otwartego dostępu
Inne
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
Comparison of molecular structures in order to identify their similarity is an important step in solving various problems derived from computational biology, like structure alignment and modelling, motif search or clustering. Thus, there is a constant need for the development of good measures to determine distances between the structures and tools to display these distances in an easily interpretable form. In the paper we present MCQ4Structures, a new method and tool for structural similarity computation based on molecule tertiary structure representation in torsional angle space. We discuss its unique features as compared with the other measures, including RMSD and LGA, and we show its experimental use in comparison of a number of 3D structures as well as evaluation of models predicted within RNA-Puzzles contest. MCQ4Structures software is available as a free Java WebStart application at: . The source code licensed under BSD can be downloaded from the same website.
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
553488
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych