Sequencing strategies and characterization of 721 vervet monkey genomes for future genetic analyses of medically relevant traits
PBN-AR
Instytucja
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
BMC BIOLOGY
ISSN
1741-7007
EISSN
Wydawca
BIOMED CENTRAL LTD
DOI
URL
Rok publikacji
2015
Numer zeszytu
Strony od-do
41
Numer tomu
13
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
(liczba autorów: 18)
Pozostali autorzy
+ 17
Autorzy przekładu
(liczba autorów przekładu: 0)
Słowa kluczowe
en
Vervet
Non-human primate
Whole genome sequencing
SNP
Linkage
Association
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Streszczenia
Język
en
Treść
Background: We report here the first genome-wide high-resolution polymorphism resource for non-human primate (NHP) association and linkage studies, constructed for the Caribbean-origin vervet monkey, or African green monkey (Chlorocebus aethiops sabaeus), one of the most widely used NHPs in biomedical research. We generated this resource by whole genome sequencing (WGS) of monkeys from the Vervet Research Colony (VRC), an NIH-supported research resource for which extensive phenotypic data are available. Results: We identified genome-wide single nucleotide polymorphisms (SNPs) by WGS of 721 members of an extended pedigree from the VRC. From high-depth WGS data we identified more than 4 million polymorphic unequivocal segregating sites; by pruning these SNPs based on heterozygosity, quality control filters, and the degree of linkage disequilibrium (LD) between SNPs, we constructed genome-wide panels suitable for genetic association (about 500,000 SNPs) and linkage analysis (about 150,000 SNPs). To further enhance the utility of these resources for linkage analysis, we used a further pruned subset of the linkage panel to generate multipoint identity by descent matrices. Conclusions: The genetic and phenotypic resources now available for the VRC and other Caribbean-origin vervets enable their use for genetic investigation of traits relevant to human diseases.
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
636005
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych