3D-GNOME: an integrated web service for structural modeling of the 3D genome
PBN-AR
Instytucja
Centrum Nowych Technologii UW (Uniwersytet Warszawski)
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
ISSN
0305-1048
EISSN
1362-4962
Wydawca
OXFORD UNIV PRESS
DOI
URL
Rok publikacji
2016
Numer zeszytu
W1
Strony od-do
W288-W293
Numer tomu
44
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
Pozostali autorzy
+ 5
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
Recent advances in high-throughput chromosome conformation capture (3C) technology, such as Hi-C and ChIA-PET, have demonstrated the importance of 3D genome organization in development, cell differentiation and transcriptional regulation. There is now a widespread need for computational tools to generate and analyze 3D structural models from 3C data. Here we introduce our 3D GeNOme Modeling Engine (3D-GNOME), a web service which generates 3D structures from 3C data and provides tools to visually inspect and annotate the resulting structures, in addition to a variety of statistical plots and heatmaps which characterize the selected genomic region. Users submit a bedpe (paired-end BED format) file containing the locations and strengths of long range contact points, and 3D-GNOME simulates the structure and provides a convenient user interface for further analysis. Alternatively, a user may generate structures using published ChIA-PET data for the GM12878 cell line by simply specifying a genomic region of interest. 3D-GNOME is freely available at http://3dgnome.cent.uw.edu.pl/.
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
744250
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych