Evaluation of possibilities of genotyping of Candida glabrata clinical isolates with RAPD-PCR method and microsatellite analysis.
PBN-AR
Instytucja
Instytut "Pomnik - Centrum Zdrowia Dziecka"
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
Scientific Journal of Microbiology
ISSN
2322-2948
EISSN
Wydawca
IRAN
Rok publikacji
2013
Numer zeszytu
10
Strony od-do
194-200
Numer tomu
2
Link do pełnego tekstu
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
0,5
Autorzy
Pozostali autorzy
+ 3
Autorzy przekładu
(liczba autorów przekładu: 0)
Słowa kluczowe
en
Candida glabrata
genotyping
microsatellite (GACA)4
RAPD-PCR
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Streszczenia
Język
en
Treść
The aim of the study was to compare the discriminatory power of RAPD-PCR method using RSD10 primer and microsatellite (GACA)4 analysis for genotyping clinical isolates of C. glabrata. Isolates were received from patients of two Polish hospitals: Children's Memorial Health Institute in Warsaw (n=17) and Medical University of Gdansk (n=37). Species identification was confirmed by two phenotypic methods: growth on chromagar plates (Biocorp) and Candida API ID 32C test (bioMérieux), as well as by PCR reaction. For both tested methods for genotyping, the size of amplified DNA fragments varied mainly between 200 and about 3000 bp. The sets of 9 and 8 different products of amplification were obtained in the case of microsatellite and RAPD-PCR method, respectively. The amplicon arrays were analyzed and dendrograms were constructed using a matrix generated by UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Means) in MVSP program (Multi Variate Statistical Package) version 3.22. As a result 20 different genotypes were distinguished in the case of microsatellite analysis and the collection of strains was divided into 26 genotypes in the case of RAPD-PCR analysis with RSD10 primer. Additionally, an evident correlation between genotype classification and geographical origin of the isolates was observed in the case of RADP-PCR method. The performed investigation revealed that RAPD-PCR amplification with RSD10 primer represents high discriminatory power in molecular differentiation of C. glabrata clinical isolates and can be recommended for at least preliminary analysis of possible route of transmission of this pathogen in hospitals and community.
Cechy publikacji
Oryginalny artykuł naukowy
Inne
System-identifier
0000013933
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych