A Linear Combination of Pharmacophore Hypotheses as a New Tool in Search of New Active Compounds - An Application for 5-HT1A Receptor Ligands
PBN-AR
Instytucja
Instytut Farmakologii im. Jerzego Maja Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
PLoS One
ISSN
EISSN
1932-6203
Wydawca
PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI
URL
Rok publikacji
2013
Numer zeszytu
12
Strony od-do
1-13
Numer tomu
8
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Słowa kluczowe
en
HIGH-AFFINITY
DERIVATIVES
ANTAGONISTS
INHIBITORS
DISCOVERY
MODEL
AGENTS
CONFORMATION
TRANSPORTER
DOCKING
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
This study explores a new approach to pharmacophore screening involving the use of an optimized linear combination of models instead of a single hypothesis. The implementation and evaluation of the developed methodology are performed for a complete known chemical space of 5-HT1AR ligands (3616 active compounds with K-i < 100 nM) acquired from the ChEMBL database. Clusters generated from three different methods were the basis for the individual pharmacophore hypotheses, which were assembled into optimal combinations to maximize the different coefficients, namely, MCC, accuracy and recall, to measure the screening performance. Various factors that influence filtering efficiency, including clustering methods, the composition of test sets (random, the most diverse and cluster population-dependent) and hit mode (the compound must fit at least one or two models from a final combination) were investigated. This method outmatched both single hypothesis and random linear combination approaches.
Cechy publikacji
Original article
Original article presents the results of original research or experiment.
Oryginalny artykuł naukowy
Oryginalny artykuł naukowy przedstawia rezultaty oryginalnych badań naukowych lub eksperymentu.
Inne
System-identifier
PBN-R:666740
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych