Identifying proteins that bind to specific RNAs - focus on simple repeat expansion diseases
PBN-AR
Instytucja
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
ISSN
0305-1048
EISSN
1362-4962
Wydawca
OXFORD UNIV PRESS
DOI
URL
Rok publikacji
2016
Numer zeszytu
19
Strony od-do
9050-9070
Numer tomu
44
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Słowa kluczowe
en
QUANTITATIVE MASS-SPECTROMETRY
AMYOTROPHIC-LATERAL-SCLEROSIS
PROXIMITY LIGATION ASSAYS
G-QUADRUPLEX STRUCTURES
YEAST 3-HYBRID SYSTEM
MOBILITY SHIFT ASSAY
EXPANDED CUG REPEATS
MESSENGER-RNA
MYOTONIC-DYSTROPHY
IN-VIVO
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
RNA-protein complexes play a central role in the regulation of fundamental cellular processes, such as mRNA splicing, localization, translation and degradation. The misregulation of these interactions can cause a variety of human diseases, including cancer and neurodegenerative disorders. Recently, many strategies have been developed to comprehensively analyze these complex and highly dynamic RNA-protein networks. Extensive efforts have been made to purify in vivo-assembled RNA-protein complexes. In this review, we focused on commonly used RNA-centric approaches that involve mass spectrometry, which are powerful tools for identifying proteins bound to a given RNA. We present various RNA capture strategies that primarily depend on whether the RNA of interest is modified. Moreover, we briefly discuss the advantages and limitations of in vitro and in vivo approaches. Furthermore, we describe recent advances in quantitative proteomics as well as the methods that are most commonly used to validate robust mass spectrometry data. Finally, we present approaches that have successfully identified expanded repeat-binding proteins, which present abnormal RNA-protein interactions that result in the development of many neurological diseases.
Inne
System-identifier
PX-5878791a82ce2e6b6f54747f
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych