3D-Hit: fast structural comparison of proteins on multicore architectures
PBN-AR
Instytucja
Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego (Uniwersytet Warszawski)
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
Optimization Letters
ISSN
1862-4472
EISSN
1862-4480
Wydawca
SPRINGER HEIDELBERG
DOI
URL
Rok publikacji
2013
Numer zeszytu
5
Strony od-do
1783-1794
Numer tomu
8
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Słowa kluczowe
en
Proteins
IBM cell
Structure comparison
Bioinformatics
Optimization
Streszczenia
Język
en
Treść
3D-Hit is a well established method for rapid detection of structural similarities between proteins, which is widely used in various bioinformatics web servers (MetaServer, GRDB, 3D-Fun, Rosetta, etc.). The algorithm decomposes proteins into set of overlaping segments of 9–13 residues, then tries to match them using root mean square distance metric. The best aligned pairs of segments are selected as seeds for futher analysis. Those initial hits are expanded by iterative process in order to construct the global structural alignment by concatenating pairs of matching segments. The method has the same accuracy as the other state-of-the-art structural comparison algorithms (LGscore2, DALI), yet it provides much faster processing times, and can be used in a high-throughput setup as the structural module of bioinformatics pipelines. The method is optimized in terms of speed and accuracy to work on novel computer architectures, such as PowerXCell8i and Sun Constellation System. Here, we provide the source code of the 3D-Hit program, describe selected architectures on which the software was ported, present programing models, point out significant porting steps and sumarize performance comparisons.
Cechy publikacji
Original article
Original article presents the results of original research or experiment.
Oryginalny artykuł naukowy
Oryginalny artykuł naukowy przedstawia rezultaty oryginalnych badań naukowych lub eksperymentu.
Inne
System-identifier
PBN-R:503777
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych