A method for single nucleotide polymorphism selection for parentage assessment in goats.
PBN-AR
Instytucja
Instytut Zootechniki - Państwowy Instytut Badawczy
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
EN
Czasopismo
Journal of Dairy Science
ISSN
0022-0302
EISSN
Wydawca
Elsevier
DOI
URL
Rok publikacji
2016
Numer zeszytu
5
Strony od-do
3646-3653
Numer tomu
99
Link do pełnego tekstu
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
0.73
Autorzy
(liczba autorów: 13)
Pozostali autorzy
+ 12
Open access
Tryb otwartego dostępu
Inne
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Inna
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
EN
Treść
Accurate pedigrees are essential to optimize genetic improvement and conservation of animal genetic resources. In goats, the use of mating groups and kidding management procedures hamper the identification of parentage. Small panels of single nucleotide polymorphisms (SNP) have been proposed in other species to substitute microsatellites for parentage assessment. Using data from the current GoatSNP50 chip, we developed a new 3-step procedure to identify a low-density SNP panel for highly accurate parentage assessment. Methodologies for SNP selection used in other species are less suitable in the goat because of uncertainties in the genome assembly. The procedure developed in this study is based on parent-offspring identification and on estimation of Mendelian errors, followed by canonical discriminant analysis identification and stepwise regression reduction. Starting from a reference sample of 109 Alpine goats with known pedigree relationships, we first identified a panel of 200 SNP that was further reduced to 2 final panels of 130 and 114 SNP with random coincidental match inclusion of 1.51×10(-57) and 2.94×10(-34), respectively. In our reference data set, all panels correctly identified all parent-offspring combinations, revealing a 40% pedigree error rate in the information provided by breeders. All reference trios were confirmed by official tests based on microsatellites. Panels were also tested on Saanen and Teramana breeds. Although the testing on a larger set of breeds in the reference population is still needed to validate these results, our findings suggest that our procedure could identify SNP panels for accurate parentage assessment in goats or in other species with unreliable marker positioning.
Cechy publikacji
Oryginalny-artykuł-naukowy
Inne
System-identifier
5971
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych