RNA-Puzzles Round III: 3D RNA structure prediction of five riboswitches and one ribozyme
PBN-AR
Instytucja
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
RNA (35pkt w roku publikacji)
ISSN
1355-8382
EISSN
1469-9001
Wydawca
RNA Society
DOI
Rok publikacji
2017
Numer zeszytu
5
Strony od-do
655-672
Numer tomu
23
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
2,41
Słowa kluczowe
en
3D prediction
bioinformatics
force fields
X-ray structures
models
structure quality
Open access
Tryb otwartego dostępu
Inne
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Przed publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
2017-01-30
Nagrody
Praca wybitna
Powód
Highly Cited Paper
Streszczenia
Język
en
Treść
RNA-Puzzles is a collective experiment in blind 3D RNA structure prediction. We report here a third round of RNA-Puzzles. Five puzzles, 4, 8, 12, 13, 14, all structures of riboswitch aptamers and puzzle 7, a ribozyme structure, are included in this round of the experiment. The riboswitch structures include biological binding sites for small molecules (S-adenosyl methionine, cyclic diadenosine monophosphate, 5-amino 4-imidazole carboxamide riboside 5'-triphosphate, glutamine) and proteins (YbxF), and one set describes large conformational changes between ligand-free and ligand-bound states. The Varkud satellite ribozyme is the most recently solved structure of a known large ribozyme. All puzzles have established biological functions and require structural understanding to appreciate their molecular mechanisms. Through the use of fast-track experimental data, including multidimensional chemical mapping, and accurate prediction of RNA secondary structure, a large portion of the contacts in 3D have been predicted correctly leading to similar topologies for the top ranking predictions. Template-based and homology derived predictions could predict structures to particularly high accuracies. However, achieving biological insights from de novo prediction of RNA 3D structures still depends on the size and complexity of the RNA. Blind computational predictions of RNA structures already appear to provide useful structural information in many cases. Similar to the previous RNA-Puzzles Round II experiment, the prediction of non-Watson-Crick interactions and the observed high atomic clash scores reveal a notable need for an algorithm of improvement. All prediction models and assessment results are available at hftp://ahsoka.ustrasbg.fr/rnapuzzles/.
Inne
System-identifier
PX-59228691d5dee8944ee98164
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych