Genetic rearrangements result in altered gene expression and novel fusion transcripts in Sézary syndrome.
PBN-AR
Instytucja
Instytut Genetyki Człowieka Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
Oncotarget (40pkt w roku publikacji)
ISSN
1949-2553
EISSN
Wydawca
DOI
URL
Rok publikacji
2017
Numer zeszytu
8
Strony od-do
39627-39639
Numer tomu
24
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
1,4
Autorzy
Pozostali autorzy
+ 10
Słowa kluczowe
angielski
NGS
RNASeq
Sézary syndrome
rearrangement
whole genome
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Przed publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
angielski
Treść
Sézary syndrome (SS) is an aggressive, leukemic cutaneous T-cell lymphoma variant. Molecular pathogenesis of SS is still unclear despite many studies on genetic alterations, gene expression and epigenetic regulations. Through whole genome and transcriptome next generation sequencing nine Sézary syndrome patients were analyzed in terms of copy number variations and rearrangements affecting gene expression. Recurrent copy number variations were detected within 8q (MYC, TOX), 17p (TP53, NCOR1), 10q (PTEN, FAS), 2p (DNMT3A), 11q (USP28), 9p (CAAP1), but no recurrent rearrangements were identified. However, expression of five genes involved in rearrangements (TMEM244, EHD1, MTMR2, RNF123 and TOX) was altered in all patients. Fifteen rearrangements detected in Sézary syndrome patients and SeAx resulted in an expression of new fusion transcripts, nine of them were in frame (EHD1-CAPN12, TMEM66-BAIAP2, MBD4-PTPRC, PTPRC-CPN2, MYB-MBNL1, TFG-GPR128, MAP4K3-FIGLA, DCP1A-CCL27, MBNL1-KIAA2018) and five resulted in ectopic expression of fragments of genes not expressed in normal T-cells (BAIAP2, CPN2, GPR128, CAPN12, FIGLA). Our results not only underscored the genomic complexity of the Sézary cancer cell genome but also showed an unpreceded large variety of novel gene rearrangements resulting in fusions transcripts and ectopically expressed genes.
Cechy publikacji
oryginalna
Inne
System-identifier
PX-5936563cd5defe17456d58cb
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych