Analiza filogenetyczna in silico sekwencji aminokwasowych cytochromu P450C21 (CYP21A1) wybranych gromad kręgowców
PBN-AR
Instytucja
Wydział Biologii i Hodowli Zwierząt (Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu)
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
polski
Czasopismo
Zeszyty Naukowe Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu, Biologia i Hodowla Zwierząt
ISSN
1897-8223
EISSN
Wydawca
Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu
DOI
Rok publikacji
2016
Numer zeszytu
82
Strony od-do
9-26
Numer tomu
622
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
(liczba autorów: 2)
Słowa kluczowe
polski
21-hydroksylaza steroidowa
analiza filogenetyczna
sekwencje aminokwasowe
ewolucja
kręgowce
angielski
steroid 21-hydroxylase
phylogenetic analysis
amino acid sequences
evolution
vertebrates
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Inna
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
polski
Treść
W pracy przeprowadzono analizę filogenetyczną, opierając się na sekwencjach aminokwasowych (aa) białka 21 hydroksylazy steroidowej (21HS), pochodzących z genomów 89 kręgowców należą- cych do różnych gromad. Białko enzymatyczne 21HS będące cytochromem P450C21 (CYP21A1) jest kluczowym enzymem steroidogenezy nadnerczowej, niezbędne w syntezie mineralo- i glikokortykoidów. Sekwencje pochodziły od współcześnie żyjących zwierząt i były zdeponowane w bazie danych GenBank. Celem badań było przeprowadzenie analizy filogenetycznej poprzez omówienie topologii drzewa, wartości istotności węzłów, od których dywergowały sekwencje oraz przeanalizowanie długości gałęzi, na które miały wpływ: iloczyn czasu i liczby mutacji typu substytucji w sekwencji. Drzewo sekwencji aa 21HS wygenerowano metodami największej wiarygodności (ML – Maksimum likelihood) oraz Bayesowską. Drzewo zostało ukorzenione za pomocą sekwencji Latimeria chalumnae, której szczątki kopalne oszacowano na dewon (około 400 mln lat temu). Sekwencje zgrupowane zostały w odpowiednich kladach: ryb, płazów, gadów, ptaków oraz ssaków. Topologia drzewa odzwierciedlała najbardziej prawdopodobną drogę ewolucji sekwencji 21 HS począwszy od pierwszych kręgowców (ryb) aż po młode ewolucyjnie ssaki, tym samym przybliżając zrozumienie jej rzeczywistego przebiegu w odniesieniu do kluczowego enzymu steroidogenezy nadnerczowej.
Język
angielski
Treść
In this paper, the phylogenetic analysis based on the amino acid sequences (aa) of the steroid 21-hydroxylase (21HS), derived from the genomes of the 89 vertebrates belonging to different groups, was done. The enzyme of 21HS is a cytochrome P450C21 (CYP21A1) and is a key enzyme during adrenal steroidogenesis necessary for the synthesis of mineralocorticoid and glucocorticoid. Sequences analysed in this paper were derived from a modern living animals and deposited in GenBank database. The aim of the study was to conduct a phylogenetic analysis and to discuss the tree topology, including the significance of the nodes and to analyse the length of the branches, which were the results of divergence time and the number of substitution mutations in the sequence. The 21HS trees were generated with method maximum likelihood (ML) and the Bayesian methods. The tree was rooted with the sequence of Latimeria chalumnae, whose fossil remains were estimated at Devonian (about 400 million years). The sequences were grouped in the following manner: fishes, amphibians, reptiles, birds and mammals. The tree topology reflects the most likely evolutionary path sequence of 21 HS from the first vertebrates (fish) to the evolutionary youngest mammals, thereby bringing an understanding of its actual course in relation to the key enzyme adrenal steroidogenesis.
Inne
System-identifier
PX-594b8d83d5de1381dd2e6f3d