Energy efficiency of sequence alignment tools—Software and hardware perspectives
PBN-AR
Instytucja
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
Future Generation Computer Systems-The International Journal of Grid Computing and eScience (40pkt w roku publikacji)
ISSN
0167-739X
EISSN
Wydawca
ELSEVIER SCIENCE BV
DOI
URL
Rok publikacji
2017
Numer zeszytu
67
Strony od-do
455-465
Numer tomu
Liczba arkuszy
Autorzy
(liczba autorów: 8)
Pozostali autorzy
+ 6
Słowa kluczowe
Sequence alignment
Energy efficiency
FiPS project
Heterogeneous hardware
Bioinformatics
FPGA
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Inna
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
Treść
Pairwise sequence alignment is ubiquitous in modern bioinformatics. It may be performed either explicitly, e.g. to find the most similar sequences in a database, or implicitly as a hidden building block of more complex methods, e.g. for reads mapping. The alignment algorithms have been widely investigated over the last few years, mainly with respect to their speed. However, no attention was given to their energy efficiency, which is becoming critical in high performance computing and cloud environment. We compare the energy efficiency of the most established software tools performing exact pairwise sequence alignment on various computational architectures: CPU, GPU and Intel Xeon Phi. The results show that the energy consumption may differ as much as nearly 5 times. Substantial differences are reported even for different implementations running on the same hardware. Moreover, we present an FPGA implementation of one of the tested tools—G-DNA, and show how it outperforms all the others on the energy efficiency front. Finally, some details regarding the special servers used in our study are outlined. This hardware is designed and manufactured within the FiPS project by the Bielefeld University and christmann informationstechnik + medien with a special purpose to deliver highly heterogeneous computational environment supporting energy efficiency and green ICT.
Inne
System-identifier
PX-5996b156d5de3060dabd1f58
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych