Detection of bacterial endosymbionts in freshwater crustaceans: the applicability of non-degenerate primers to amplify the bacterial 16S rRNA gene
PBN-AR
Instytucja
Instytut Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
PeerJ (35pkt w roku publikacji)
ISSN
2167-8359
EISSN
Wydawca
PeerJ Ltd.
DOI
Rok publikacji
2018
Numer zeszytu
Nr art. e6039
Strony od-do
1-17
Numer tomu
6
Link do pełnego tekstu
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
1,28
Słowa kluczowe
angielski
Microbiome
Fairy shrimp
Anostraca
Cladocera
Ostracoda
Temporary ponds
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
2018-12-14
Streszczenia
Język
angielski
Treść
Bacterial endosymbionts of aquatic invertebrates remain poorly studied. This is at least partly due to a lack of suitable techniques and primers for their identification. We designed a pair of non-degenerate primers which enabled us to amplify a fragment of ca. 500 bp of the 16S rRNA gene from various known bacterial endosymbiont species. By using this approach, we identified four bacterial endosymbionts, two endoparasites and one uncultured bacterium in seven, taxonomically diverse, freshwater crustacean hosts from temporary waters across a wide geographical area. The overall efficiency of our new WOLBSL and WOLBSR primers for amplification of the bacterial 16S rRNA gene was 100%. However, if different bacterial species from one sample were amplified simultaneously, sequences were illegible, despite a good quality of PCR products. Therefore, we suggest using our primers at the first stage of bacterial endosymbiont identification. Subsequently, genus specific primers are recommended. Overall, in the era of next-generation sequencing our method can be used as a first simple and low-cost approach to identify potential microbial symbionts associated with freshwater crustaceans using simple Sanger sequencing. The potential to detected bacterial symbionts in various invertebrate hosts in such a way will facilitate studies on host-symbiont interactions and coevolution.
Inne
System-identifier
PX-5c176b1ad5dee8e9e1943fec
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych