Bioinformatics Tools and Benchmarks for Computational Docking and 3D Structure Prediction of RNA-Protein Complexes.
PBN-AR
Instytucja
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
Genes - Open Access Genetics & Genomics Journal (25pkt w roku publikacji)
ISSN
EISSN
2073-4425
Wydawca
MDPI AG, Basel, Switzerland
DOI
Rok publikacji
2018
Numer zeszytu
Strony od-do
1-21
Numer tomu
9(9). pii: E432
Link do pełnego tekstu
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
Słowa kluczowe
angielski
RNP;
computational modelling;
macromolecular complex;
ribonucleoprotein;
structural bioinformatics
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Streszczenia
Język
Treść
RNA-protein (RNP) interactions play essential roles in many biological processes, such as regulation of co-transcriptional and post-transcriptional gene expression, RNA splicing, transport, storage and stabilization, as well as protein synthesis. An increasing number of RNP structures would aid in a better understanding of these processes. However, due to the technical difficulties associated with experimental determination of macromolecular structures by high-resolution methods, studies on RNP recognition and complex formation present significant challenges. As an alternative, computational prediction of RNP interactions can be carried out. Structural models obtained by theoretical predictive methods are, in general, less reliable compared to models based on experimental measurements but they can be sufficiently accurate to be used as a basis for to formulating functional hypotheses. In this article, we present an overview of computational methods for 3D structure prediction of RNP complexes. We discuss currently available methods for macromolecular docking and for scoring 3D structural models of RNP complexes in particular. Additionally, we also review benchmarks that have been developed to assess the accuracy of these methods.
Inne
System-identifier
PX-5c6fe4bed5de063117a2a09f
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych