Specific interaction of zinc finger protein Com with RNA and the crystal structure of a self-complementary RNA duplex recognized by Com.
PBN-AR
Instytucja
Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
PLoS One
ISSN
EISSN
1932-6203
Wydawca
PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI
URL
Rok publikacji
2019
Numer zeszytu
4
Strony od-do
1-19
Numer tomu
14:e0214481
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
Pozostali autorzy
+ 2
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
angielski
Treść
The bacteriophage Mu Com is a small zinc finger protein that binds to its cognate mom mRNA and activates its translation. The Mom protein, in turn, elicits a chemical modification (momification) of the bacteriophage genome, rendering the DNA resistant to cleavage by bacterial restriction endonucleases, and thereby protecting it from defense mechanisms of the host. We examined the basis of specificity in Com-RNA interactions by in vitro selection and probing of RNA structure. We demonstrated that Com recognizes a sequence motif within a hairpin-loop structure of its target RNA. Our data support the model of Com interaction with mom mRNA, in which Com binds to the short hairpin structure proximal to the so-called translation inhibition structure. We also observed that Com binds its target motif weakly if it is within an RNA duplex. These results suggest that the RNA structure, in addition to its sequence, is crucial for Com to recognize its target and that RNA conformational changes may constitute another level of Mom regulation. We determined a crystal structure of a Com binding site variant designed to form an RNA duplex preferentially. Our crystal model forms a 19-mer self-complementary double helix composed of the canonical and non-canonical base pairs. The helical parameters of crystalized RNA indicate why Com may bind it more weakly than a monomeric hairpin form.
Cechy publikacji
RESEARCH ARTICLE
Inne
System-identifier
PX-5d28a612d5dec2193d75344f
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych