An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12
PBN-AR
Instytucja
Wydział Chemii (Uniwersytet Gdański)
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
Scientific Reports (40pkt w roku publikacji)
ISSN
2045-2322
EISSN
Wydawca
Nature Publishing Group
DOI
Rok publikacji
2018
Numer zeszytu
Strony od-do
1-18
Numer tomu
8
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
0.85
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Razem z publikacją
Data udostępnienia w sposób otwarty
Streszczenia
Język
en
Treść
Every two years groups worldwide participate in the Critical Assessment of Protein Structure Prediction (CASP) experiment to blindly test the strengths and weaknesses of their computational methods. CASP has significantly advanced the field but many hurdles still remain, which may require new ideas and collaborations. In 2012 a web-based effort called WeFold, was initiated to promote collaboration within the CASP community and attract researchers from other fields to contribute new ideas to CASP. Members of the WeFold coopetition (cooperation and competition) participated in CASP as individual teams, but also shared components of their methods to create hybrid pipelines and actively contributed to this effort. We assert that the scale and diversity of integrative prediction pipelines could not have been achieved by any individual lab or even by any collaboration among a few partners. The models contributed by the participating groups and generated by the pipelines are publicly available at the WeFold website providing a wealth of data that remains to be tapped. Here, we analyze the results of the 2014 and 2016 pipelines showing improvements according to the CASP assessment as well as areas that require further adjustments and research.
Inne
System-identifier
UOGc3c38c5597b74c3887d7d964a1cf8722
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych