Introduction of phosphorylated residues into the UNRES coarse-grained model: toward modeling of signaling processes
PBN-AR
Instytucja
Wydział Chemii (Uniwersytet Gdański)
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
Journal of Physical Chemistry B
ISSN
1520-6106
EISSN
Wydawca
American Chemical Society
DOI
Rok publikacji
2019
Numer zeszytu
27
Strony od-do
5721-5729
Numer tomu
123
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
0.5
Streszczenia
Język
en
Treść
Phosphorylated proteins take part in many signaling pathways and play a key role in homeostasis regulation. The all-atom force fields enable us to study the systems containing phosphorylated proteins, but they are limited to short time scales. In this paper, we report the extension of the physics-based coarse-grained UNRES force field to treat systems with phosphorylated amino-acid residues. To derive the respective potentials, appropriate physics-based analytical expressions were fitted to the potentials of mean force of systems modeling phosphorylated amino-acid residues computed in our previous work and implemented in UNRES. The extended UNRES performed well in ab initio simulations of two miniproteins containing phosphorylated residues, strongly suggesting that realistic large-scale simulations of processes involving phosphorylated proteins, especially signaling processes, are now possible.
Inne
System-identifier
UOGed37e8b3677b49079b515d9dbbd2d71f
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych