×

Serwis używa ciasteczek ("cookies") i podobnych technologii m.in. do utrzymania sesji i w celach statystycznych. • Ustawienia przeglądarki dotyczące obsługi ciasteczek można swobodnie zmieniać. • Całkowite zablokowanie zapisu ciasteczek na dysku komputera uniemożliwi logowanie się do serwisu. • Więcej informacji: Polityka cookies OPI PIB

×

Regulamin korzystania z serwisu PBN znajduję się pod adresem: Regulamin serwisu

Szukaj wśród:
Dane publikacji

Fast QM/MM method and its application to molecular systems

Artykuł
Czasopismo : CHEMICAL PHYSICS LETTERS   Tom: 397, Zeszyt: 4-6, Strony: 451-458
Łukasz Walewski [1] , Piotr Bala [1] , M. Elstner , Th. Frauenheim , Bogdan Lesyng [1]
2004 angielski
Identyfikatory
-
Cechy publikacji
-
  • Oryginalny artykuł naukowy
  • Zrecenzowana naukowo
Abstrakty ( angielski )
-
A quantum self-consistent-charge density-functional tight-binding method was combined with a classical MM approach using Gromos. The resulting integrated QM/MM model was applied in studies of dynamical properties of a quantum water molecule and a malonaldehyde molecule in classical water environment. Interactions between classical and quantum subsystems are described by electrostatic and van der Waals potential energy functions. Basic properties of water such as self-diffusion constant, a radial distribution function and infrared spectra were computed and compared with available experimental data. The model has also been successfully applied to intra-molecular proton transfer reaction in malonaldehyde in water solution.
Bibliografia
-
  1. Grochowski, P.& Bala, P.& Lesyng, B.& McCammon, J.A., Int. J. Quantum Chem., vol. 60, 1996, p.1143
  2. Bała, P.& Grochowski, P.& Lesyng, B.& McCammon, J.A., Ber. Bunsen. Phys. Chem., vol. 102, 1998, p.580
  3. Bała, P.& Grochowski, P.& Nowiński, K.& Lesyng, B.& McCammon, J.A., Biophys. J., vol. 79, 2000, p.1253
  4. Trylska, J.& Bała, P.& Geller, M.& Grochowski, P., Biophys. J., vol. 83, 2002, p.794
  5. Porezag, D.& Frauenheim, Th.& Kohler, Th.& Seifert, G.& Kaschner, R., Phys. Rev. B, vol. 50, 1995, p.6709
  6. Elstner, M.& Porezag, D.& Jungnickel, G.& Elsner, J.& Haugk, M.& Frauenheim, Th.& Suhai, S.& Seifert, G., Phys. Rev. B, vol. 58, 1998, p.7260
  7. Frauenheim, T.& Seifert, G.& Elstner, M.& Hajnal, Z.& Jungnickel, G.& Porezag, D.& Suhai, S.& Scholz, R.A., Phys. Status Solidi B, vol. 217, 2000, p.41
  8. W.F. van Gunsteren, S.R. Billeter, A.A. Eising, P.H. Hunenberger, P. Kruger, A.E. Mark, W.R.P. Scott, I.G. Tironi, Biomolecular Simulation: The GROMOS 96 Manual and User Giude, VDF Hochschulverlag AG, 1996
  9. Kalinowski, J.A.& Lesyng, B.& Thompson, J.D.& Cramer, C.J.& Truhlar, D.G., J. Phys. Chem. A, vol. 108, 2004, p.2545
  10. Chandra, A.& Ichiye, T., J. Chem. Phys., vol. 111, 1999, p.2701
  11. Lide, D.R. (Eds.), CRC Handbook of Chemistry and Physics, 1999, 80th edn.
  12. Mahoney, M.W.& Jorgensen, W.L., J. Chem. Phys., vol. 114, 2001, p.363
  13. Guillot, B., J. Chem. Phys., vol. 95, 1991, p.1543
  14. Baughcum, S.L.& Smith, Z.& Wilson, E.B.& Duerst, R.W., J. Am. Chem. Soc., vol. 106, 1984, p.2260
  15. Barone, V.& Adamo, C., J. Chem. Phys., vol. 105, 1996, p.11007
  16. Tautermann, C.S.& Voegele, A.F.& Loerting, T., J. Chem. Phys., vol. 117, 2002, p.1962
  17. Chakravarti, I.M.& Laha, R.G.& Roy, J., Handbook of Methods of Applied Statistics, vol. vol. 1, 1967
  18. Tayyari, S.F.& Milani-Nejad, F., Spectrochim. Acta A, vol. 54, 1998, p.255
  19. Alparone, A.& Millefiori, S., Chem. Phys., vol. 290, 2003, p.15
  20. Smith, Z.& Wilson, E.B.& Durest, R.W., Spectrochim. Acta A, vol. 39A, 1983, p.117
Zacytuj dokument
-