×

Serwis używa ciasteczek ("cookies") i podobnych technologii m.in. do utrzymania sesji i w celach statystycznych. • Ustawienia przeglądarki dotyczące obsługi ciasteczek można swobodnie zmieniać. • Całkowite zablokowanie zapisu ciasteczek na dysku komputera uniemożliwi logowanie się do serwisu. • Więcej informacji: Polityka cookies OPI PIB

×

Regulamin korzystania z serwisu PBN znajduję się pod adresem: Regulamin serwisu

Szukaj wśród:
Dane publikacji

Understanding the origins of bacterial resistance to aminoglycosides through molecular dynamics mutational study of the ribosomal A-site

Artykuł
Czasopismo : PLoS Computational Biology   Tom: 7, Zeszyt: 7, Strony: 1-16
Julia Romanowska [1] , Andrew J. McCammon , Joanna Trylska [1]
2011 angielski
Link do publicznie dostępnego pełnego tekstu
Identyfikatory
-
Cechy publikacji
-
  • Oryginalny artykuł naukowy
Dyscypliny naukowe
-
Biofizyka – dziedzina nauk fizycznych
Abstrakty ( angielski )
-
Paromomycin is an aminoglycosidic antibiotic that targets the RNA of the bacterial small ribosomal subunit. It binds in the A-site, which is one of the three tRNA binding sites, and affects translational fidelity by stabilizing two adenines (A1492 and A1493) in the flipped-out state. Experiments have shown that various mutations in the A-site result in bacterial resistance to aminoglycosides. In this study, we performed multiple molecular dynamics simulations of the mutated A-site RNA fragment in explicit solvent to analyze changes in the physicochemical features of the A-site that were introduced by substitutions of specific bases. The simulations were conducted for free RNA and in complex with paromomycin. We found that the specific mutations affect the shape and dynamics of the binding cleft as well as significantly alter its electrostatic properties. The most pronounced changes were observed in the U1406C:U1495A mutant, where important hydrogen bonds between the RNA and paromomycin were disrupted. The present study aims to clarify the underlying physicochemical mechanisms of bacterial resistance to aminoglycosides due to target mutations.
Zacytuj dokument
-