×

Serwis używa ciasteczek ("cookies") i podobnych technologii m.in. do utrzymania sesji i w celach statystycznych. • Ustawienia przeglądarki dotyczące obsługi ciasteczek można swobodnie zmieniać. • Całkowite zablokowanie zapisu ciasteczek na dysku komputera uniemożliwi logowanie się do serwisu. • Więcej informacji: Polityka cookies OPI PIB

×

Regulamin korzystania z serwisu PBN znajduję się pod adresem: Regulamin serwisu

Szukaj wśród:
Dane publikacji

Summary of the DREAM8 Parameter Estimation Challenge: Toward Parameter Identification for Whole-Cell Models

Artykuł
Czasopismo : PLoS Computational Biology   Tom: 11, Zeszyt: 5, Strony: 1-21
J.R. Karr , A.H. Williams , J.D. Zucker , A.. Raue , B. Steiert , J. Timmer , C. Kreutz , Y. Hu , M. Baron , K. Bryson , B. Barker , E. Bogart , Y. Wang , D. Chandramohan , L. Huang , K. Zawack , A.A. Shestov , H. Makadia , D. DeCicco , A. Yin , M. Wang , S.C. Li , M. Swistak [1] , [2] , M. Cygan [1] , [5] , D. Kazakiewicz [3] , [4] , Miron Kursa [1] , P. Korytkowski [6] , Dariusz Plewczyński [1] , [4] , J. Yang , Y. Li , H. Tang , T. Wang , Y. Liu , Y. Xie , G. Xiao , J. Bello , D.O. Botero Rozo , S.J. Cañas-Duarte , J.C. Castro , F. Gomez , I. Valdes , L.G. Vivas , A. Bernal , J.M. Pedraza Leal , S. Restrepo , A.R. Muñoz , S. Wilkinson , B.A. Allgood , B.M. Bot , B.R. Hoff , M.R. Kellen , M.W. Covert , G.A. Stolovitzky , P. Meyer , DREAM8 Parameter Estimation Challenge Consortiuman
  • [1]
  • [2]
    Faculty of Mathematics, Informatics and Mechanics, University of Warsaw, Warsaw, Poland,
  • [3]
    Wrocław University of Technology, Wrocław, Poland
  • [4]
    The Centre for Innovative Research, Medical University of Białystok, Białystok, Poland
  • [5]
    Faculty of Automatic Control, Electronics and Computer Science, Silesian University of Technology, Gliwice, Poland
  • [6]
    Faculty of Computer Science and Information Technology, West Pomeranian University of Technology, Szczecin, Poland
2015 angielski
Link do publicznie dostępnego pełnego tekstu
Identyfikatory
-
Cechy publikacji
-
  • Oryginalny artykuł naukowy
  • Zrecenzowana naukowo
Słowa kluczowe
-
Abstrakty ( angielski )
-
Whole-cell models that explicitly represent all cellular components at the molecular level have the potential to predict phenotype from genotype. However, even for simple bacteria, whole-cell models will contain thousands of parameters, many of which are poorly characterized or unknown. New algorithms are needed to estimate these parameters and enable researchers to build increasingly comprehensive models. We organized the Dialogue for Reverse Engineering Assessments and Methods (DREAM) 8 Whole-Cell Parameter Estimation Challenge to develop new parameter estimation algorithms for whole-cell models. We asked participants to identify a subset of parameters of a whole-cell model given the model’s structure and in silico “experimental” data. Here we describe the challenge, the best performing methods, and new insights into the identifiability of whole-cell models. We also describe several valuable lessons we learned toward improving future challenges. Going forward, we believe that collaborative efforts supported by inexpensive cloud computing have the potential to solve whole-cell model parameter estimation. © 2015 Karr et al.
Zacytuj dokument
-